Q. 기업부설연구소 인정이 취소되면 받은 세액공제도 돌려줘야 하나요

소프트웨어 개발 법인의 기업부설연구소 인정 취소 사유가 전담요원 자격 미달 및 독립공간 요건 불비인 경우, 취소 사유의 성격과 법적 근거에 따라 기(旣) 공제받은 연구·인력개발비 세액공제의 추징 여부와 범위가 결정됩니다.

만약 연구소 설립 당시부터 실체가 없었거나 요건을 전혀 충족하지 못해 거짓이나 그 밖의 부정한 방법 또는 연구개발활동이 존재하지 않는 상태로 판명되어 소급 취소되는 경우에는 과거에 공제받은 세액이 추징될 수 있습니다.

반면, 정상적으로 운영되다가 요건 미달 등의 사유로 직권 취소되는 경우에는 원칙적으로 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일 또는 취소일 이후부터 세액공제가 배제되며, 과거 정상 운영 기간의 공제에 대해서는 소급 추징 대상이 아닐 수 있으나, 과세관청이 실질과세원칙에 따라 '애초부터 연구소 요건을 충족하지 못한 부실 운영'으로 판단할 경우 과거 귀속분에 대해서도 부인 및 추징 처분이 이루어질 리스크가 매우 큽니다.