중소기업 확인서, 무엇을 준비하고 어디서 받나요?

입찰 공고나 지원 사업 공고를 보면 제출 서류 맨 위에 「중소기업 확인서」가 적혀 있습니다. 우리 회사가 작으니 당연히 중소기업이라고 생각했는데, 막상 신청하면 관계기업 때문에 반려되는 경우가 있습니다. 무엇을 기준으로 판단하고 무엇을 준비하는지 짚어 보겠습니다.

Q. 중소기업 확인서는 어디에 쓰나요?

중소기업 확인서는 우리 회사가 중소기업기본법에 따른 중소기업이라는 것을 정부가 확인해 주는 서류입니다. 공공기관 입찰에서 중소기업자간 경쟁제품에 참여할 때, 정부와 지자체의 지원 사업에 신청할 때, 정책자금이나 보증을 받을 때 제출 서류로 요구됩니다.

벤처기업 확인, 이노비즈 · 메인비즈 인증, 직접생산확인 같은 다른 인증을 받을 때도 중소기업인지를 먼저 봅니다. 그래서 회사가 정부 사업과 처음 만나는 자리에서 가장 먼저 준비하는 서류가 되는 경우가 많습니다.

확인서에는 회사가 중기업인지, 소기업인지, 소기업 가운데 소상공인에 해당하는지도 적힙니다. 지원 사업에 따라 소기업이나 소상공인만 신청할 수 있는 경우가 있으므로 구분까지 확인해 두는 것이 좋습니다.

Q. 우리 회사가 중소기업인지는 무엇으로 판단하나요?

세 가지를 봅니다. 첫째는 규모 기준입니다. 업종별로 정한 평균매출액 기준 이하여야 합니다(중소기업기본법 시행령 제3조, 별표 1). 업종에 따라 기준 금액이 다르므로 우리 회사의 주된 업종이 무엇으로 분류되는지가 먼저입니다.

둘째는 상한 기준입니다. 업종과 관계없이 자산총액이 5천억 원 이상이면 중소기업이 아닙니다. 셋째는 독립성 기준입니다. 상호출자제한기업집단에 속하거나, 자산총액 5천억 원 이상인 법인이 주식 30% 이상을 가진 최다출자자이면 중소기업에서 빠집니다.

독립성 기준에서 자주 걸리는 것이 관계기업입니다. 우리 회사가 다른 회사를 지배하거나 다른 회사에 지배받는 관계라면, 그 회사의 매출액을 일정 비율로 합산해 규모를 다시 계산합니다. 혼자서는 기준 이하인데 합산하면 넘는 경우가 생깁니다.

Q. 평균매출액은 어떻게 계산하나요?

평균매출액은 원칙적으로 직전 3개 사업연도의 매출액을 평균한 금액입니다. 사업 기간이 3년이 안 되면 그 기간에 맞춰 계산하는 방법이 따로 정해져 있습니다(중소기업기본법 시행령 제7조). 창업한 첫해처럼 결산 자료가 없으면 확인서 신청 시점까지의 실적으로 계산하기도 합니다.

매출액은 손익계산서의 매출액을 기준으로 합니다. 결산이 끝난 재무제표를 기준으로 판단하므로, 결산을 마치기 전에 신청하면 직전 연도가 아닌 그 전 연도 자료로 판단되는 등 결과가 달라질 수 있습니다.

Q. 어디서 어떻게 신청하나요?

신청은 중소벤처기업부의 중소기업현황정보시스템(sminfo.mss.go.kr)에서 온라인으로 합니다. 회원가입 뒤 회사 정보를 입력하고, 재무 자료와 주주 정보를 올리면 검토를 거쳐 확인서가 발급됩니다. 발급된 확인서는 같은 시스템에서 출력합니다.

법인은 국세청에 신고한 재무제표를 연계해 불러오는 기능이 있어, 직접 서류를 스캔해 올리는 부담이 줄었습니다. 다만 연계가 되지 않거나 자료가 다를 때는 표준재무제표증명 같은 서류를 따로 올려야 합니다.

처리 기간은 서류가 갖춰졌는지, 관계기업 검토가 필요한지에 따라 달라집니다. 입찰이나 지원 사업 마감이 가깝다면 넉넉히 앞서 신청하고, 진행 상황을 시스템에서 확인하십시오.

Q. 신청에서 자주 막히는 곳은 어디인가요?

가장 많이 막히는 곳은 관계기업 자료입니다. 대표가 따로 운영하는 회사, 대표의 가족이 지분을 가진 회사, 우리 회사가 출자한 자회사가 있으면 관계기업 해당 여부를 따져야 하고, 해당하면 그 회사들의 재무제표와 주주명부까지 내야 합니다.

두 번째는 업종 분류입니다. 사업자등록증의 업태와 실제 매출이 가장 많은 업종이 다르면, 평균매출액 기준이 달라져 결과가 바뀔 수 있습니다. 주된 업종은 매출액이 가장 큰 업종을 기준으로 정합니다.

세 번째는 결산 시기입니다. 새 사업연도 결산이 끝나면 기존 확인서의 유효기간이 끝나 가는데, 새 재무제표를 반영해 다시 받지 않아 입찰 직전에 유효기간이 지난 것을 발견하는 경우가 많습니다.

Q. 유효기간은 언제까지인가요?

중소기업 확인서에는 유효기간이 적혀 있습니다. 직전 사업연도 결산 자료를 기준으로 판단하므로, 새 사업연도 결산이 확정되면 다시 판단을 받아야 합니다. 12월 결산 법인은 대개 결산 신고가 끝난 뒤인 봄에 새로 받습니다.

유효기간이 지난 확인서는 입찰이나 지원 사업에서 인정되지 않습니다. 정확한 기간은 발급된 확인서에 적힌 날짜를 기준으로 보시고, 그 날짜를 회사 일정표에 넣어 두는 것이 좋습니다.

Q. 회사가 커지면 바로 중소기업에서 빠지나요?

바로 빠지지는 않습니다. 중소기업이 규모가 커져 기준을 넘더라도, 그 사유가 생긴 연도의 다음 연도부터 3년 동안은 중소기업으로 봅니다(중소기업기본법 제2조 제3항). 이를 유예기간이라고 합니다.

다만 중소기업이 아닌 기업과 합병하거나, 유예기간 중인 기업과 합병하는 등 법령이 정한 경우에는 유예를 받을 수 없습니다. 상한 기준인 자산총액 5천억 원을 넘은 경우도 마찬가지로 따로 보니, 해당 여부는 신청 화면에서 확인하십시오.

Q. 세금 혜택도 이 확인서로 받나요?

아닙니다. 세법상 중소기업 해당 여부는 조세특례제한법 시행령의 기준으로 따로 판단합니다. 기준이 비슷하지만 업종 범위와 유예 규정이 달라, 중소기업 확인서가 있어도 세법상 중소기업이 아닐 수 있고 그 반대도 있습니다.

세액감면이나 공제를 받으려면 세무 대리인에게 조세특례제한법 기준으로 따로 확인받으십시오. 중소기업 확인서는 입찰과 지원 사업용, 세법상 판단은 세금 신고용으로 나눠 생각하면 헷갈리지 않습니다.

자주 묻는 질문