과세·면세 겸영사업자라면 확인해야 할 부가세 경정청구 사례
웰스세무회계 김서하 세무사입니다. 이 글은 제가 수행한 부가가치세 경정청구 사례를 정리한 것으로, 의뢰인을 특정할 수 있는 내용은 제외했습니다.
과세사업과 면세사업을 겸영하는 의뢰인의 과거 부가가치세 신고를 검토하던 중, 공통매입세액 가운데 면세사업 귀속분이 실제보다 과다하게 계산된 사실을 확인했습니다.
과세기간별로 안분 계산을 다시 하여 일반 경정청구 기한이 남아 있는 신고분에 대해 청구했고, 청구액 전액이 인용되어 의뢰인은 1억 원이 넘는 부가가치세를 환급받았습니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 의뢰인 | 과세사업과 면세사업을 함께 운영하는 사업자 |
| 발견한 문제 | 공통매입세액 중 면세사업 귀속분이 과다 계산되어 매입세액을 과소 공제 |
| 진행 방법 | 과세기간별로 매입의 실지귀속과 안분 계산을 재검토한 뒤, 청구 기한이 남은 신고분에 대해 경정청구 |
| 결과 | 청구액 전액 인용, 부가가치세 1억 원 초과 환급 |
Q. 어떤 상황에서 상담을 요청하셨나요?
의뢰인은 과세사업과 면세사업을 함께 운영하고 있었습니다. 지난 신고 내역을 검토해 보니 공통매입세액 안분 계산에 오류가 있어, 공제받을 수 있었던 매입세액 일부를 공제받지 못한 채 신고해 온 상태였습니다.
의뢰인은 이 사실을 전혀 알지 못했습니다. 세금을 더 냈더라도 과세관청이 먼저 돌려주지는 않습니다. 지난 신고를 다시 검토하지 않았다면 그대로 묻혔을 금액이었습니다.
Q. 가장 걱정하셨던 부분은 무엇이었나요?
경정청구가 오히려 세무조사로 이어지지 않을까 하는 점이었습니다. 실제로 부가가치세 환급을 구하는 청구는 과세관청이 특히 꼼꼼하게 검토하는 편입니다.
몇 년 전 신고를 다시 들여다보는 번거로움에 비해 환급액이 적으면 어쩌나 하는 걱정도 있었습니다. 그래서 청구에 앞서 환급 가능 금액과 그 근거를 먼저 확인하는 것이 중요합니다.
Q. 경정청구는 어떻게 준비했나요?
Q. 결과는 어떻게 됐나요?
청구액 전액이 인용되어, 의뢰인은 1억 원이 넘는 부가가치세를 환급받았습니다.
모르고 지나쳤다면 그대로 사라졌을 금액입니다. 법정신고기한부터 5년이 지난 과세기간은 경정청구를 할 수 없으므로, 조금만 늦었어도 환급받을 수 있는 금액은 줄었을 것입니다.
Q. 같은 상황이신 분께 드리고 싶은 말은요?
과세사업과 면세사업을 겸영하신다면 지난 부가가치세 신고에서 공통매입세액을 어떻게 안분했는지 한 번 점검해 보시기 바랍니다. 사업 초기에 정한 계산 방식이 검토 없이 몇 년째 이어지는 경우가 적지 않습니다.
다만 경정청구를 한다고 모두 환급받는 것은 아닙니다. 다시 계산해 보니 과다 납부액이 없거나, 근거 자료가 부족해 인용되지 않는 경우도 있습니다. 청구 대상인지 먼저 확인해야 시간과 비용을 아낄 수 있습니다.
실무 팁
건물이나 기계장치 등 감가상각자산을 두 사업에 공통으로 사용하는 경우에는 납부세액 또는 환급세액의 재계산도 함께 검토해야 합니다. 매입세액을 공제받은 후, 해당 과세기간의 면세공급가액 비율(또는 면세사용면적 비율)이 취득 과세기간(또는 그 후 재계산한 과세기간)에 적용한 비율과 5%포인트 이상 차이 나면 재계산 대상이 됩니다.
자주 묻는 질문
Q. 경정청구를 하면 세무조사를 받게 되나요?
경정청구를 했다는 사실만으로 세무조사 대상이 되지는 않습니다. 다만 과세관청이 청구 내용을 검토하는 과정에서 소명 자료를 요청할 수 있으므로, 청구 근거를 미리 정리해 두시는 것이 좋습니다.
Q. 경정청구 결과는 언제 나오나요?
과세관청은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 통지해야 합니다. 검토 과정에서 자료 보완이 필요하면 그보다 늦어질 수 있습니다.
Q. 5년이 지난 신고도 돌려받을 수 있나요?
일반 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에만 할 수 있습니다. 5년이 지난 과세기간은 원칙적으로 청구할 수 없으니 기한부터 확인하시기 바랍니다.
근거법령
세법은 개정될 수 있으므로, 신고하시는 과세기간에 적용되는 기준은 국가법령정보센터와 국세청 안내에서 확인하시기 바랍니다.
같은 겸영사업자라도 매입의 실지귀속과 보유 자료에 따라 환급 금액과 결과는 달라질 수 있습니다.
이 사건은 인용 결과를 받았습니다.
더 궁금한 점은 이 글을 쓴 김서하세무사에게 물어보세요.
