기업부설연구소 혜택, 연구개발비 25%를 세금에서 빼요 🔬

「연구소 하나 만들면 세금이 확 준대」 이런 얘기, 거래처 대표님한테 한 번쯤 들어 보셨죠? 🤔 진짜 그런지, 우리 회사 규모면 몇 명이 있어야 하는지 하나씩 물어보고 답해 볼게요.

작은 제조 · 소프트웨어 회사 대표님들이 자주 묻는 게 딱 하나예요. 「연구소, 서류 한 장 더 내는 것 말고 실제로 돈이 되나요?」 결론부터 말하면 꽤 돼요. 다만 사람 · 공간 · 장부 세 가지를 지켜야 계속 받아요 👇

Q1. 연구소랑 전담부서, 뭐가 달라요?

둘 다 과학기술정보통신부 장관에게 인정받는 거예요(기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제7조). 차이는 연구전담요원 수예요. 시행령 제6조가 회사 크기마다 정해 뒀어요.

소기업 기준은 업종마다 달라요. 중소기업기본법 시행령 별표 3을 보면 정보통신업은 평균매출액 50억원 이하, 식료품 제조업은 120억원 이하, 숙박 · 음식점업은 15억원 이하예요. 이 선 안이면 소기업이에요.

회사가 커져도 바로 무너지지 않게 숨 쉴 틈도 있어요. 소기업이던 회사가 중기업이 되면 그날부터 1년까지는 3명이어도 연구소로 인정해 줘요. 그 사이에 연구원을 더 뽑으면 되는 거죠.

Q2. 그래서 세금이 얼마나 줄어요?

조세특례제한법 제10조의 연구 · 인력개발비 세액공제예요. 중소기업은 그 해 쓴 일반 연구 · 인력개발비의 25%를 소득세나 법인세에서 바로 빼요. 또는 전년보다 늘어난 금액의 50%를 빼는 방법 중 고를 수 있어요(최근 4년 동안 비용이 없었거나 직전 해가 4년 평균보다 적으면 25% 쪽만 돼요).

예를 들어 연구원 두 명 인건비로 한 해 8,000만원을 썼고 그게 공제 대상 연구개발비로 인정되면, 2,000만원을 세금에서 빼요 😳 소득공제가 아니라 낼 세금에서 직접 빼는 거라 체감이 커요.

신성장 · 원천기술이면 중소기업 30%에 매출 대비 비율에 따라 최대 10%포인트가 더 붙고, 반도체 · 이차전지 · 바이오의약품 · 인공지능 같은 국가전략기술이면 40%부터 시작해요.

Q3. 연구원 본인한테도 좋은 게 있어요?

있어요. 소득세법 시행령 제12조 제12호 다목에 따라, 인정받은 중소기업 · 벤처기업 연구소나 전담부서에서 연구에 직접 종사하는 직원이 받는 연구활동비는 월 20만원까지 비과세예요. 같은 돈을 줘도 직원 손에 남는 게 늘어요 💸

Q4. 연구소 건물을 사면요?

지방세특례제한법 제46조예요. 중소기업이 연구소로 직접 쓰려고 산 부동산은 취득세 60%, 연구소로 쓰는 동안 재산세 60%를 2028년 12월 31일까지 감면해요. 수도권(인구감소지역 빼고)은 45%이고, 신성장 · 원천기술이나 국가전략기술 연구소면 15%포인트를 더 깎아 줘요.

쉽게 셈해 볼게요. 수도권 밖 중소기업이 연구소로 쓸 건물을 사서 취득세가 1,000만원 나올 상황이라면, 60%를 깎아 400만원만 내요. 같은 건물이 성남 같은 수도권에 있으면 45%라 550만원이고요. 재산세도 연구소로 쓰는 동안 같은 비율로 줄어요 🏢

Q5. 신청은 어떻게 해요?

과학기술정보통신부 장관에게 인정 신청서를 내요(시행령 제7조). 신청서에는 회사 이름, 대표자, 소재지, 연구 분야, 주요 연구내용, 연구개발인력, 연구시설을 적어요. 연구원 자격 기준과 연구공간 기준은 과학기술정보통신부령으로 따로 정해져 있어서, 신청 전에 우리 연구원 학력 · 경력과 공간이 맞는지 먼저 대 보는 게 좋아요.

공간은 「독립된 연구시설」 이 기본이에요. 연구소를 두 곳 이상에 나눠 두려면 각 주소지마다 독립된 연구시설이 있고, 연구원이나 연구보조원이 한 명 이상 늘 근무해야 해요(시행령 제9조 제2호). 사무실 한쪽 책상 몇 개로는 어렵다는 뜻이에요 📌

Q6. 받고 나서 조심할 건요?

• 사람이 바뀌면 30일 안에 변경신고(시행령 제7조 제2항)
• 연구원은 연구시설에서 근무, 연구 말고 다른 일을 하는 상시 직원은 따로 두기(시행령 제9조)
• 연구소 인정이 취소되면 그 뒤 쓴 비용은 세액공제가 안 돼요(조세특례제한법 제10조 제6항)
• 벤처 확인의 연구개발 유형도 이 연구소 · 전담부서가 있어야 신청할 수 있어요

어떤 비용이 공제 대상 연구개발비로 들어가는지는 조세특례제한법 시행령 별표에 따로 있고, 해석이 갈리는 경우도 많아요. 신청 전에 세무사와, 인정 서류는 행정사와 한 번씩 맞춰 보는 걸 권해요.

📚 이 글의 숫자는 2026년 현재 시행 중인 기업부설연구소법 · 시행령, 조세특례제한법, 소득세법 시행령, 지방세특례제한법, 중소기업기본법 시행령 별표 3에서 직접 확인했어요.

자주 묻는 질문