직원 연말정산, 1월부터 3월까지 사장님은 언제 무엇을 하나요?

직원이 한두 명인 가게도 1월이 되면 「연말정산 서류 언제 드려요?」 라는 질문을 받습니다. 연말정산은 직원이 하는 일 같지만, 법에서 정산하고 신고할 의무는 월급을 주는 사장님에게 있습니다. 석 달 동안 할 일을 달력으로 놓고 보면 생각보다 단순합니다.

Q. 연말정산은 누가 하는 일인가요?

연말정산의 의무는 월급을 주는 쪽에 있습니다. 「소득세법」 제137조는 원천징수의무자가 다음 해 2월분 근로소득을 지급할 때 1년 치 세금을 다시 계산해 정산하도록 정합니다. 직원은 공제받을 자료를 내고, 사장님은 그 자료로 세금을 계산해 떼거나 돌려줍니다.

매달 월급에서 떼는 근로소득세는 간이세액표에 따른 어림값입니다. 연말정산은 이 어림값을 실제 1년 소득과 공제에 맞춰 바로잡는 절차입니다. 그래서 정산 결과 더 떼야 하는 직원도 있고, 돌려줘야 하는 직원도 있습니다.

기장을 맡긴 세무사 사무실이 계산과 신고를 대신 해 주는 경우가 많지만, 직원에게 자료를 받는 일과 2월 급여에 결과를 반영하는 일은 사업장에서 챙겨야 합니다. 아래 달력은 그 몫을 중심으로 정리했습니다.

Q. 1월에는 무엇을 준비하나요?

1월에는 직원들에게 공제 자료를 언제까지 달라고 알리는 것이 첫 일입니다. 「소득세법」 제140조는 직원이 2월분 급여를 받기 전에 소득 · 세액 공제신고서를 내야 한다고 정합니다. 우리 사업장의 2월 급여일에서 며칠 앞을 마감일로 정해 알려 주면 됩니다.

직원들은 대개 국세청 홈택스의 연말정산 간소화 자료를 내려받아 냅니다. 부양가족 명단, 의료비 · 교육비 · 기부금 영수증 중 간소화 자료에 없는 것은 따로 받아야 합니다. 받은 자료는 기장을 맡긴 세무사 사무실과 주고받을 방법을 미리 정해 두세요.

1월분 급여도 평소처럼 간이세액표에 따라 원천징수하고, 원천세는 다음 달 10일인 2월 10일까지 신고 · 납부합니다(「소득세법」 제128조). 상시 직원이 적어 반기납부 승인을 받은 사업장은 반기 마지막 달의 다음 달 10일에 몰아서 납부하므로 일정이 다릅니다.

Q. 2월에는 어떻게 정산하나요?

2월분 급여를 줄 때 정산합니다. 순서는 법에 적혀 있습니다. 1년 근로소득금액에서 직원이 신고한 소득공제를 빼 과세표준을 구하고, 기본세율을 적용해 산출세액을 구한 뒤, 1년 동안 이미 뗀 세금과 근로소득세액공제 · 자녀세액공제 · 연금계좌세액공제 · 특별세액공제를 뺍니다(「소득세법」 제137조 제1항).

그 결과가 플러스이면 그만큼 2월 급여에서 더 떼고, 이미 뗀 세금과 공제가 산출세액보다 많으면 그 차액을 직원에게 돌려줍니다(같은 조 제2항). 대개 2월 급여명세서에 「연말정산 소득세」 줄로 함께 반영합니다.

더 떼야 할 세금이 10만원을 넘으면 한 번에 떼지 않고 2월분부터 4월분 급여까지 나눠 뗄 수 있습니다(같은 조 제4항). 한꺼번에 떼면 2월 실수령액이 크게 줄어드는 직원이 있으니, 정산 결과를 받으면 나눠 뗄지 먼저 정하세요.

Q. 중간에 퇴사한 직원은 어떻게 하나요?

퇴사한 직원은 다음 해 2월까지 기다리지 않습니다. 「소득세법」 제137조는 퇴직자의 퇴직하는 달 근로소득을 지급할 때 정산하도록 정하고, 직원이 공제신고서를 내는 시점도 퇴직한 달의 급여를 받기 전입니다(제140조 제1항).

퇴사 때는 간소화 자료가 아직 없어 대개 본인 기본공제 위주로 정산하게 됩니다. 직원이 같은 해에 새 직장에 들어가면 새 회사에서 전 직장 소득을 합쳐 정산하고, 그렇지 않으면 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 빠진 공제를 받습니다. 퇴사하는 직원에게 근로소득 원천징수영수증을 챙겨 주면 이 과정이 수월합니다.

Q. 일용직 직원도 연말정산을 하나요?

하지 않습니다. 「소득세법」 제140조 제3항은 일용근로자에게 공제신고서 규정을 적용하지 않는다고 정합니다. 일용근로자의 근로소득은 지급할 때 원천징수하는 것으로 끝나고, 그 대신 지급명세서를 지급한 달의 다음 달 말일까지 매달 냅니다(제164조 제1항 단서).

일용근로자 지급명세서를 늦게 내면 지급금액의 1만분의 25, 기한이 지난 뒤 1개월 안에 내면 10만분의 125가 가산세입니다(제81조의11). 상용 직원과 일용 직원이 섞인 가게라면 두 명세서의 기한이 다르다는 점을 달력에 따로 적어 두세요.

Q. 3월 10일까지 무엇을 내나요?

두 가지입니다. 하나는 원천세 신고 · 납부로, 2월에 정산하며 뗀 세금을 포함한 2월분 원천세를 3월 10일까지 신고하고 냅니다. 돌려준 세금이 더 많으면 그 금액을 원천세 신고에서 조정하거나 환급을 신청합니다.

다른 하나는 근로소득 지급명세서입니다. 「소득세법」 제164조는 근로소득 지급명세서를 지급일이 속하는 해의 다음 연도 3월 10일까지 내도록 정합니다. 휴업 · 폐업한 경우에는 휴업일 · 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지입니다.

지급명세서를 기한까지 내지 않으면 내지 않은 지급금액의 1%가 가산세이고, 기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%로 줄어듭니다(「소득세법」 제81조의11, 법인은 「법인세법」 제75조의7). 연봉 3,000만원 직원 한 명분을 빠뜨리면 30만원이 될 수 있는 셈이라 금액이 작지 않습니다.

원천세를 늦게 내면 원천징수 등 납부지연가산세가 붙습니다. 내지 않은 세액의 3%에 하루 10만분의 22를 더하는 방식이고, 이 둘을 합친 금액은 내지 않은 세액의 10%가 한도입니다(「국세기본법」 제47조의5, 시행령 제27조의4).

Q. 2027년부터 달라지는 것도 있나요?

있습니다. 「소득세법」 제164조의3의 개정 규정 가운데 근로소득에 관한 부분은 2027년 1월 1일부터 시행됩니다. 이 개정은 일용근로자가 아닌 직원의 근로소득에 대해서도 간이지급명세서를 지급한 달의 다음 달 말일까지 내도록 하는 내용입니다.

그렇게 되면 2027년 1월 급여부터는 매달 다음 달 말일이 새 제출 기한이 됩니다. 늦게 내면 지급금액의 1만분의 25(1개월 안에 내면 10만분의 125)가 가산세입니다. 정확한 적용 시기와 제출 방법은 연초에 세무사와 한 번 더 확인해 두세요.

자주 묻는 질문